Hallo Werner,
wieder (l) ich.
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Erstmal voraus, das ist in der Vollversion genauso (schlecht) geregelt wie in Express.
Der Standardvorschlag für die zu speichernden Elemente beschränkt sich einfach zusammengefasst auf das was Annotation Zeichnungen oder Blätter hat, alles andere wird nicht berücksichtigt und ist, wenn man es so speichert, verloren.
Deshalb ist es, wenn man es so wie du möchtest, notwendig eine Oberbaugruppe zu erstellen, die auch eine Zeichnung oder Blatt hat. In diese kann man dann seine "gezielten" Arbeitsebenen verschieben.
Beiliegendes Bild verdeutlicht das.
Die Teilestruktur links wird die Standardauswahl rechts vorgeben.
Wenn du so speicherst werden die A01 und Teil T2-v25-zu-andern (Rote Pfeile) nicht mitgespeichert und gehen somit verloren.
Dagegen sind die A01, A02, A03 unter B01-master einbegriffen und bleiben erhalten.
Baugruppen/Teile mit Zeichnungen erkennt man an den Magenta Symbolen (Zeichnungssätzen).
Soweit zu dem was du gefragt hast.
Meine Vorgehensweise nach einigen leidvollen Erfahrungen in der "greenhorn time" 
IMMER auf alle Objekte klicken. Siehe Sicherste Auswahl
Lieber zuviel speichern als etwas verlieren, dass man noch braucht.
Überflüssiges kann man dann immer noch löschen.
auch
Mit (freundlichem) Gruß
Friedhelm
